Cuando John Heitinga debutó con Holanda (contra Estados Unidos en febrero de 2004), se convirtió en el 99º jugador del Ajax que formaba parte de la selección absoluta del país.

Su nombre se ha visto asociado a posibles fichajes con varios de los clubes más importantes de Europa. En marzo de 2008, el jugador acordó su traspaso a un coloso del fútbol español, el Atlético de Madrid, mediante un contrato de cinco años. John Heitinga comenzará su nueva aventura en la Primera División de la liga española en la temporada 2008/09.

Cuando cumplió siete años, Heitinga pidió a sus padres que le regalaran una sesión de entrenamiento con el Ajax. Así lo hicieron, y el joven John impresionó a ojeadores y entrenadores, que lo ficharon para la escuela de fútbol del club.

Durante su juventud, Heitinga era socio de carné del Ajax y trabajó como recogepelotas en el Amsterdam Arena hasta pocos meses antes de debutar con el primer equipo del club.

Heitinga se estrenó con los profesionales del Ajax en un clásico de la liga holandesa: un partido contra el eterno rival, el Feyenoord, que inauguró la temporada 2001/02, celebrado el 26 de agosto de 2001. Heitinga contribuyó a aquella victoria por 2-1 del club de Amsterdam, que encarriló al equipo al triunfo en la liga al final de esa campaña.

John Heitinga prefiere la posición de central, pero también ha ocupado el lateral derecho de la zaga tanto con su club como con la selección nacional, e incluso ha jugado de mediocampista de contención.

Heitinga se encuentra actualmente en su séptima temporada con el primer equipo del Ajax, con el que ha conquistado nueve máximos trofeos: dos títulos de liga, tres Copa de Holanda y cuatro Supercopas de Holanda (Johan Cruyff-schaal), la competición que enfrenta al campeón de liga y al de Copa de la temporada anterior.

Pese a sus dos prolongadas bajas por lesión, John Heitinga ha jugado 150 partidos con el primer equipo del Ajax, y ha sido uno de los habituales de la selección holandesa desde que Marco van Basten se convirtió en su entrenador en 2004.

La novia de Heitinga, Charlotte Sophie, es la hermana de su compañero en el combinado holandés Boudejwin “Bolo” Zenden, antiguo extremo del Liverpool y del Chelsea.