
Als tiener kwam John op elk niveau uit voor Nederland. Hij ging met Onder 16 naar het EK en in 2000, op het FIFA WK Onder 20 in Argentinië, was hij aanvoerder van Oranje.
In februari 2004 speelde hij onder Dick Advocaat zijn eerste interland in het eerste. Op zijn thuisbasis, de Amsterdam ArenA, trad hij op als rechtsback in een vriendschappelijke wedstrijd tegen de VS.
Zijn eerste interlanddoelpunt volgde twee maanden later, in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Griekenland. Tegen die tijd had hij al een plek veroverd op zijn favoriete positie in het hart van de verdediging. Op Euro 2004 stond John de eerste twee wedstrijden van Oranje in de basis. Maar tegen Tsjechië liep hij tegen twee gele kaarten op, wat voor hem het einde van de wedstrijd en het toernooi betekende.
Op het WK in 2006 speelde John weer de eerste twee wedstrijden. De derde wedstrijd, tegen Argentinië, kreeg hij rust. In de tweede ronde werd hij weer van de bank gehaald voor de wedstrijd tegen Portugal, waarin Nederland werd uitgeschakeld.
John wordt gezien als de logische opvolger van voormalig international Jaap Stam als rots in de Nederlandse verdediging. John is inmiddels een vaste waarde in het Nederlands elftal. Hij heeft deelgenomen aan zijn tweede Europese Kampioenschapen in 2008 (Zwitserland en Oostenrijk). John speelde daar drie wedstrijden, waarvan twee in de basis en een als invaller. Tijdens de wedstrijd tegen Roemenie was hij aanvoerder.